旧地球連邦の指導者たちによって組織された新連邦政府再建委員会が、地球を統一すべく動き出していた。フリーデン攻略のために委員会より送り込まれた特殊工作部隊の隊長・カトックは、その部下とともに漁師に身をやつし潜入した。しかし、そのもくろみをティファによって見破られ、進退窮まったカトックは……。

偶然開発中のガンダムを目撃してしまったエニルは、フロスト兄弟の攻撃を受けフリーデンに救われる。ジャミルらは彼女の飛行データから、ガンダムが待ちうけるその島・ゾンダーエプタの位置を割り出し、フリーデンの舵を取るのだった。

ゾンダーエプタで待ち構えていた、新連邦政府再建委員会のアイムザットにより、フリーデンは捕らえられてしまう。そして、ジャミルとティファは他のクルーたちから引き離され、ニュータイプ研究所へと移送されるのだった。

連れ去られたティファとジャミルを救い出すため、輸送船に潜入したガロードとカトック。彼らはその格納庫で新型MS、ガンダムDXを発見する。ティファから受け取ったGコントローラーで、ガロードはDXを起動させるが、その威力は想像を絶するものだった。

新連邦政府の樹立がブラッドマン卿により宣言された。武力による地球圏の統一を進める新連邦に対し、多くの独立国家は反発、世界各地で紛争が巻き起こる。南アジア地域に上陸を果たしたフリーデンは、独立国家・エスタルドやその連合国に協力を要請され、新連邦政府と戦うこととなる。

エスタルド共和国の同盟軍は、フリーデンの助力を得て、新連邦軍を打ち破った。勝利に沸くエスタルドだが、国内では武闘派と和平派とが激しく意見を対立させていた。一方敗北した新連邦軍は、「サクリファイス」と名付けられた作戦を展開しようとしていた。

同盟を結んでいたノーザンベルが新連邦に降伏。同じく同盟国だったガスタールが新連邦と和平条約を締結したため、残されたエスタルドは無条件降伏か徹底抗戦かを迫られる。エスタルドが選んだ降伏を甘受できないリー将軍は、独断で死地へ赴いた。ガロードとウィッツは彼を追うが……。

エスタルドが新連邦軍へ全面降伏する前に、フリーデンは国外へ脱出することとなった。ジャミルは、密かにウィリス国家主席を国外へ逃亡させようとするが、その計画を察知したガスタール軍は、進撃を開始。その軍勢を前に、ガロードはサテライトキャノンの銃爪に指を掛ける。

歴史の大きなうねりに目を向け、成長していくガロード。そんな彼を、ティファは寂しい思いで見つめるしかない。そこへ、ニュータイプ研究所が認めたパイロット・アベルが来襲。戦闘の最中に覚醒したアベルはフラッシュ・システムを発動させ、ガロードらはピンチに陥る。

ついにニュータイプ研究所へたどり着いたフリーデン一行。しかしシャギアとオルバの策謀により、ジャミルはカロンに捕らえられてしまう。折りしも、フロスト兄弟によって研究所は火の海と化し、その混乱に乗じてティファは宇宙革命軍のスパイに連れ去られてしまった。